Il Preludio
Dopo la catastrofe scampata da Snake e Raiden a Manhattan,quest'ultimo decide di partire alla ricerca della figlia di Olga Gurlukovich.Infiltratosi nel database del Pentagono scopre che c'è del movimento strano in una base militare a Sud del Pacifico con nome in codice "Silver Daughter",così ruba un velivolo dall'aereoporto di New York e si dirige verso la base.
Entrato nello spazio aereo della Silver Daughter mette il pilota automatico e si lancia dall'aereo,ma aprendo il paracadute qualcosa va storto e non riuscendo a stabilizzare la traiettoria e velocità di discesa si sgancia dal paracadute,cercando di proteggersi dall'impatto con l'acqua, rannicchia le gambe fino al busto tenendole ferme con le braccia e finisce in fondo al mare.
Dopo pochi secondi si riprende dallo shock provocato dall'urto, riemerge dalle profondità dell'oceano e raggiunge la costa della base dove si libera della maschera e dell'equipaggiamento superfluo,estare il binocolo e vede che delle truppe di mercenari stanno trasportando qualcosa all'interno di un camion,allora cerca di avvicinarsi senza farsi notare per reperire più informazioni possibili su quello che il nemico sta proteggendo.