In un mondo dove gli umani diventano ogni giorno più insensibili nei confronti dei Pokèmon, dove dominano soldi, inquinamento e tirannia, i membri del Team Abeir Toril hanno un desiderio: riunire i pochi umani "degni" di vivere accanto ai Pokèmon e creare un arma capace di eliminare l' umanità per sempre. Creare quest' arma è un processo difficoltoso, e soprattutto ci sono di ragazzi che pensano che non sia necessaria, in fondo, una guerra per cambiare il mondo.
Orion, Reo, Beth e Bellatrix si incontreranno sia per seguire i personali obiettivi che la regione di Arisia sa offrire, sia per convincere il sempre più forte Team Abeir Toril ad abbandonare il progetto di uccisione degli esseri umani.