La leggenda narra che nella città di Lotropoli, dietro a nove porte, ci siano delle gemme che hanno il potere di sconfiggere il male. Un giorno le sfere furono distrutte e un vecchietto, che conosceva il loro potere, le ricreò e le nascose in mondi sconosciuti. Solo in mano al prescelto le gemme sprigionano il loro potere. Il Professor Layton dovrà entrare nei vari mondi per recuperare le gemme in cui sono protette.