La storia riprende a circa 3 mesi di distanza dall'avventura precedente. Sakura, con il suo gruppo di amici di sempre, si gode la vita quotidiana di Tomoeda. Un nuovo e misterioso sogno, però, le suscita un'inquietudine di fondo. È conscia del fatto che le sue imprese abbiano influito in modo rilevante sull'intero globo, e ciò verrà presto confermato dalla presa di notizia e dal coinvolgimento di nuovi nemici, ovvero un'Organizzazione che si fa chiamare ''Alba'' (Akatsuki), dedita alla cattura ed all'imprigionamento di ogni mostro titanico, ognuno sigillato in altre 8 persone. La ragazza, intromessasi nella vicenda, scoprirà così che dentro di lei ha cominciato a prendere piede un'oscura presenza, sotto le sembianze di un lupo enorme, che la farà mettere sotto il bersaglio della terribile Organizzazione criminale.