Dopo tre anni dal primo incontro con Shinichi, l'Organizzazione scopre che il ragazzo è ancora vivo e ha intenzione di farlo tacere una volta per tutte. Lo scontro tanto temuto è alle porte: gli Uomini in nero, capeggiati dal misterioso Capo, contro Conan, spalleggiato dall'FBI e dalla CIA. Conan si trova davanti ad una dura scelta, che metterà a dura prova il suo amore per Ran e il suo spirito coraggioso di giovane detective.

Heiji si trovò nel posto sbagliato al momento sbagliato. Commise un grande errore, che gli costò la fiducia dell'unica ragazza che avesse mai amato: un bacio dato alla persona sbagliata.

Episodio che vede come protagonista Heiji. Il giovane detective di Osaka si trova a dover affrontare un caso pericoloso: due uomini misteriosi sembrano avere un conto in sospeso con lui e bramano vendetta. Heiji dovrà scoprire chi sono questi uomini, ma soprattutto dovrà proteggere Kazuha.