Alcuni mesi dopo la sconfitta di Hades, un nuovo nemico minaccia ancora la pace sulla Terra. Come se non bastasse, con i suoi poteri divini riesce a soggiogare, rendendoli suoi fedeli servitori, i Crystal Saints, una casta di guerrieri al servizio di Atena.

Molti anni orsono, settantasei saints infangarono il loro nome utilizzando i loro cloth per scopi malvagi anziché di giustizia come doveva essere. La dea Atena li punì esiliandoli su una piccola isola chiamata Death Queen Island e, come marchio d’infamia, i loro cloth si colorarono di nero. Fu così che nacquero i famosi Black Saints. Sull’isola fu posto un sigillo, una maschera sul volto del saint colpevole di aver dato inizio a tutto, che impedì loro di uscire e d’invecchiare. Dopo duecentocinquanta anni, però, il sigillo si è sciolto e i saints possono finalmente essere liberi di vendicarsi.

È il compleanno di Deathmask e tutti si preparano a festeggiarlo, nonostante lui detesti certe cose. Seiya è incaricato di comprare la torta, ma…

Uno strano personaggio, chiamato Candito, si ritrova a Sugar Rush. Le guardie lo conducono al castello e la principessa Vanellope lo accoglie ignorando totalmente la sua vera identità e il suo intento malefico.

Capitolo finale di “Dolls And Robots War”. Incredibilmente, con somma sorpresa di tutti, Alice rivela di essere ancora viva tramite un messaggio audio salvato su un floppy disk spedito a Shinku. Inoltre, ha costruito nuove Alice Maidens basandosi sugli appunti di Rozen, quindi identiche alle Rozen Maiden in tutto e per tutto. La battaglia finale sta per iniziare!

Seguito di “Dolls And Robots War”. Con la distruzione di Unità Alice, il mondo ha riacquistato la pace perduta. Purtroppo, però, nuovi e misteriosi robot compaiono dal nulla e sembra proprio che il loro unico scopo sia distruggere Shinku e le sue sorelle. Da dove vengono? Possibile che Alice sia ancora viva?

Mentre al Santuario la dea Atena rinasce, e viene scelto il nuovo sacerdote, antiche e malefiche armature, conosciute come Shadow Cloth, sigillate dalla stessa Atena secoli or sono, si risvegliano per portare le tenebre sulla terra. Una delle Shadow Cloth, s’impossessa della guardia del corpo del sacerdote Sion con l’intento di uccidere la neonata Atena, ma i suoi piani verranno sventati da Aiolos, Gold Saint del Sagittario, che fuggirà dal Santuario con la bambina.

Hades torna sulla terra e ordina ai suoi specters di prendere la testa di Atena. Riescono a eseguire l’ordine e finalmente vincono la guerra e conquistano il mondo. Nybe di Zashini, della Sairi Hanbun Sei (Mezza Stella Tagliente), è uno dei trentacinque specters al servizio di Radamantis. Per amor di una ragazza, tradirà i suoi compagni e per questo cercheranno di ucciderlo per lavare l’onta subita.

È passata una settimana dalla battaglia alle dodici case e l’Imperatore Di Giada, sigillato da Atena, torna sulla Terra insieme ai suoi servitori, ma non ha fatto i conti con la stessa Atena e i suoi Saint.

In un mondo futuro, i robot lavorano a stretto contatto con gli umani. Uno di questi, nome in codice “Unità Alice”, creato da un ex costruttore di bambole chiamato Rozen, impazzisce e porta il caos. Rozen, per rimediare al danno, creerà sette bambole particolari che riporteranno la pace nel mondo.

Tomoe, una ragazzina di prima media, conosce Jun appena arrivato a scuola. I due diventeranno grandi amici fino ad innamorarsi l'una dell'altro.

Un costruttore di bambole crea 7 bambole per farle combattere contro le bambole di Rozen e dimostrare così di essere superiore a lui.

Kanaria è una principessa di tredici anni abilissima nel suonare il violino. Oltre ad incantare la gente, con le sue melodie, incanterà anche il principe Herynn che s'innamorerà di lei. La disgrazia, però, s'abbatterà sui due. Herynn sarà costretto a sposarsi con una principessa che non ama e lei, per vendetta e gelosia, ordinerà al suo mago di trasformarlo in un'oggetto e spedirlo in un'altra dimensione. Il mago eseguirà l'ordine e spetterà a Kanaria dirigersi in quella dimensione per salvare il suo amore.

Dopo la battaglia con Ikki, Bud si allontana nella tormenta, viene soccorso, e salvato da morte certa, da una giovane ragazza che, col passare dei giorni, s’innamorerà di lui. Ma con la sconfitta di Hilda, un nuovo nemico si affaccerà con l’intento di soggiogare Asgard e toccherà a Bud, l’unico God Warrior rimasto, a difendere la sua terra e la sua amata dagli invasori.

Un ragazzino irlandese di nome Rian, in gita ad Atene, perde di vista i suoi compagni. Mentre li cerca viene aggredito da dei ladri e, senza rendersene conto, brucia il suo cosmo e li fa fuggire. Questo attrae l’attenzione di Shaina che gli fa scoprire l’esistenza dei Saints al servizio della dea Atena e gli dice che anche lui è destinato a diventarlo. Per fare ciò verrà allenato duramente. Un giorno, però, dei nemici attaccano il Santuario, gli uccidono il maestro e deciderà di affrontarli per avere la sua vendetta.