La storia è ambientata 50 anni dopo la 4° guerra ninja.
Naruto e molti degli "eroi di guerra" morirono in battaglia per salvare il mondo e l'unico shinobi della generazione che è sopravissuto alla guerra e che ancora porta fin troppi ricordi è il sesto hokage: Konohamaru.
Konohamaru viene divorato dalla rabbia e dall'odio e Konoha ne uscì più spaventata che mai dalla guerra.
Il nuovo Hokage sfrutterà questa paura per controllare il suo villaggio e muovere guerra verso tutto il mondo ninja, a parte i due alleati Sabbia e Nuvola che riuscirà ad abbindolare così come è riuscito con Konoha. Il fine ultimo di Konohamaru per avere il potere sarà l'ultimo occhio dotato di sharingan rimasto nel mondo, ma quest'ultimo verrà trovato da uno shinobi che verrà preso di mira e diventerà l'obiettivo della guerra: Da attaccare per alcuni e da proteggere per altri.

Mi ricordo ancora quando ero soltanto un ragazzino. E mi ricordo quanto avessi paura del mondo e, in special modo delle persone.

Avete superato il confine?