Un nuovo nemico minaccia la pace e il futuro del regno di Hyrule. Trattasi di Weckeher, il potentissimo imperatore delle tenebre e detentore della Evilforce, molto simile alla Triforza, ma caratterizzata da odio, malvagità e spietatezza; uguale nella forma al sacro triangolo, ma rovesciato e di color nero con i bordi dorati.
Sarà compito di Link e Zelda, i giovani eroi prescelti dalle dee, ignari del proprio destino, fermare il malvagio Weckeher che vuole riunire i due poteri per scatenare l'inferno e conquistare il mondo intero.
Un lungo cammino, intriso di ostacoli e pericoli, attende i nostri due eroi, prima di trovarsi faccia a faccia con lo spietato imperatore delle tenebre.