Proprio quando viene finalmente trovata la formula per invertire il processo dell’Aptx 4869 e Conan è ormai prossimo a metter fine all’organizzazione degli uomini in nero che ha scoperto la sua vera identità grazie alla sua spia Bourbon alias Subaru Okiya, subisce un grave incidente, causato proprio da Vodka e Gin.
L’FBi preoccupata per la sorte del giovane detective decide di mettere il ragazzino e Ai nel programma testimoni e trasferisce i due bambini in una località segreta, cambiando la loro identità per proteggerli. Conan dopo un lungo periodo di coma riprende conoscenza, ma un’amara sorpresa attende tutti, il ragazzino ha perso la memoria, non solo non ricorda il suo nome, ma l’incidente ha causato anche la perdita di tutte le informazioni relative all’organizzazione che Edogawa aveva scoperto, in un anno di indagini, grazie all’aiuto della giornalista Rena Mizunashi nel frattempo anche lei improvvisamente scomparsa. Dimesso dall'ospedale Conan si trasferisce insieme ad Ai nella casa di Jodie. La scienziata si prende amorevolmente cura del giovane detective che continua a non ricordare nulla del passato...

Ryo scese dal letto e raggiunta la ragazza la afferrò da dietro cingendole la vita e dopo averla tratta verso di sé, la strinse più forte.
“Ryo ma che...” farfugliò Nasty che all'improvviso fu colta da una sensazione ben distante dal disagio. Il cuore aveva iniziato a batterle come un orologio impazzito, il calore dei loro corpi l'uno contro l'altro, annichilì ogni suo tentativo di reazione. Il respiro caldo di lui era come una tenera carezza sulla pelle, quando infine le sue labbra le sfiorarono appena l'epidermide, credette di morire...