Anno 2220.

Il pianeta Terra è ormai un ricordo.

Circa 200 anni prima, il pianeta è piombato nella III Guerra Mondiale ed è stato distrutto dalle tre bombe atomiche che hanno decimato la popolazione mondiale.
Ora, quello che resta della razza umana vive sotto la dittatura di Krono, in una nuova galassia ribattezzata Nuova Gaia.
Krono non è altro che il nome in codice di un esperimento degli ex Stati Uniti d'America che hanno dato vita ad una forma di vita perfetta: più forte, più longeva, più intelligente.
Come quasi ogni esperimento, tuttavia, ci sono stati degli effetti collaterali e Krono ha preso il controllo di tutto sotto la guida del primo clone creato: Marcus.
Marcus è il clone di un ex Marine dell'esercito Americano, il migliore della sua classe e con un quoziente intellettivo di 208, di nome Thomas Runner.
Servendosi della sue qualità e approfittando delle crisi bellica mondiale, Marcus ha creato un esercito rubando degli embrioni da laboratori sperimentali e creando da essi individui uguali a lui e con le stesse capacità.
Si formò, così, l'esercito Krono.
Per controllare la razza umana, gli scienziati Krono hanno creato una speciale formula in grado di annullare ogni sentimento umano: l'Equilibrium. Il siero deriva direttamente dalla nave Krono e, per legge, ogni cittadino è costretto a prenderne quattro dosi al giorno, ad intervalli regolari.
Coloro che si astengono dal farlo, sono condannati a morte.
La vita dell'uomo è diventata monotona: ogni individuo ha il suo compito nella società, nessuno domanda nulla e il contatto sessuale avviene all'unico fine di procreare.
L'uomo vive in pace su Nuova Gaia o, almeno, così pare.
L'unico elemento che disturba il sonno di Marcus è La Resistenza, un gruppo di umani che si ribella alla dittatura.
La Resistenza vive nascosta nei vari angoli di Nuova Gaia, continuamente braccata dall'esercito di Krono.
Quella che sembrava una normale insubordinazione si è trasformata in qualcosa che potrebbe cambiare la partita sulla scacchiera del potere.
A sorpresa, La Resistenza è capitanata da Thomas Runner che, per un miscuglio di sostanze chimiche sconosciute che tutt'ora sono in circolo nel suo sangue, è rimasto ancora in vita, tale e quale al momento della creazione di Marcus. 
La Resistenza cresce ogni giorno di più, vive nascosta e si sposta in continuazione.
Nonostante le continue ricerche, Krono non ha ancora individuato il punto focale della ribellione e fatica a mantenere il controllo.
La partita sembra diventare una questione personale tra Marcus e Thomas, che si comprendono a vicenda e sanno i rispettivi punti deboli perché, in realtà, non sono altro che la stessa persona.
Mentre la guerra interna tra ribelli e Krono è in corso, una nuova e forte minaccia si avvicina sempre di più a Nuova Gaia...
Entrambe le fazioni consapevoli di questo, continueranno a combattersi e uccidersi fra loro o uniranno le forze per difendere il proprio Pianeta?