New York, 2043
La guerra contro Shredder è ormai finita, i nostri mutanti si sono sposati e hanno avuto dei figli.
I cittadini newyorkesi hanno ormai accettato l'esistenza dei mutanti, e il Decreto Sulla Tutela dei Mutanti impedisce ai normali esseri umani di trattarli come mostri.
Ma si sa, i pregiudizi fanno fatica a sparire, e le convinzioni sono ben radicate nelle menti della gente, e tutto ciò si riversa sulle vite di alcuni ragazzi, dei mezzosangue.
James, Lorenzo, Izumi e Susan Hamato sono quattro mezzi mutanti, figli delle quattro tartarughe che sconfissero Shredder, e sono quelli che più faticano ad accettare questa realtà.
Ma i quattro verranno coinvolti in una battaglia più grande di loro, dove i loro genitori non potranno fare niente per aiutarli.
Una corsa contro il tempo, una lotta per riuscire a salvare la loro famiglia e le persone che amano...