Sono passati tre anni dal colpo di stato che ha messo fine al regno di Lelouch: il mondo ora è governato da Cornelia, che deve far fronte a continue ribellioni sia di natura anti-assolutista che separatista, mentre si registrano malumori tra alcuni esponenti del governo: il primo ministro Leila, che si vede bocciata ogni riforma che promuove; Esdeath, ministro della difesa, che ambisce a instaurare una repubblica; e Marianne, presidente dell'ASU, che rivendica un ruolo maggiore nel governo del mondo. Il pianeta diventa sempre più instabile e prossimo al tracollo, mentre dallo spazio sta per giungere la perfida Gerel, decisa a conquistare la Terra... Sequel di Injustice.

2018: la morte di Shirley è stato un colpo troppo duro per Lelouch, che è impazzito completamente. Egli non ha attuato lo Zero Requiem, ha fatto giustiziare i suoi ex seguaci e ha eliminato anche Suzaku. Avendo rubato il code dell'immortalità al padre egli si è auto-incoronato imperatore eterno del mondo. 9 anni dopo, nel 2027, egli regna incontrastato sulla Terra, dopo aver liquidato i suoi nemici e schiavizzato la popolazione mondiale tramite il geass. A Parigi Leila Breisgau è costretta a nascondersi dalle autorità. In Giappone Cornelia, Guilford e Villetta (ormai divenuta folle dopo aver perso il suo amato e il bambino che portava in grembo) vivono in una cascina diroccata. Intanto, in Sud America, CC è sulle tracce di un misterioso soggetto M....