Il malvagio scienziato Andross è stato mandato in esilio sul pianeta deserto Venom. Un giorno dal pianeta Corneria viene rilevato un aumento di attività su Venom, e viene inviata ad investigare una squadriglia di Arwing pilotati da James McCloud, Pigma Dengar e Peppy Hare. Al loro arrivo Pigma li tradisce e, mentre James viene ucciso, Peppy riesce a salvarsi con un fuga rocambolesca. Alla notizia del tradimento di Pigma, viene formata un nuova squadra, detta Star Fox, composta da Fox McCloud, figlio del defunto James, Peppy Hare, Falco Lombardi e Slippy Toad. La loro missione è salvare il sistema di Lylat dall'enorme flotta spaziale costruita da Andross nel suo esilio.