\\Al momento in pausa//
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Nella stessa terra dove si sono svolti i Mystery Dungeon, ma in una regione lontana con diverse usanze, un Mudkip sta per coronare il suo sogno di diventare Capo Pokémon, una sorta di allenatore. Una volta ottenuto questo titolo, potrà girare per Kumon per cercare di battere i Sindaci delle città, e nel mentre reclutare compagni per la sua squadra. Il Fangopesce, però, si ritroverà in un'avventura che non si sarebbe mai aspettato di vivere, incontrando organizzazioni segrete, team malvagi e scoprendo di più anche sulla sua stessa vita.
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Attenzione: Spoiler per Mystery Dungeon Squadra Rossa/Squadra Blu, Esploratori del Cielo/Tempo/Oscurità, Portali sull'Infinito dato che potrebbero essere citati avvenimenti e/o si potrebbero incontrare dei personaggi di questi giochi.