Nel 2183 un nave non identificata attacca e distrugge la Normady SR1. Il comandante Shepard, eroe della Cittadella, muore nello scontro e il suo corpo si perde nello spazio. I superstiti della Normady, dopo aver sepolto una bara vuota, voltano pagina e cercano di ricostruirsi una vita, ma due anni dopo Alexander Shepard ritorna dal mondo dei morti. La sua missione: salvare la galassia, un'altra volta. Ma scoprirà ben presto che il prezzo da pagare è la sua anima, un prezzo che forse è troppo alto, persino per lui.