Ezio si inoltrò nella cripta nascosta nella chiesa della Città del Vaticano,riuscì ad arrivare ad un buon punto ma cominciò a perdere la testa.
Cominciò a vedere dappertutto il suo nemico che aveva giurato di uccidere per vendicare i suoi genitori, ma soprattutto il padre Giovanni, assassino anche lui ma da non dimenticare sono isuoi 2 fratelli impiccati insieme alla madre ed il padre.
Con la mela dell'Eden(non mensionata nel gioco a quel punto) riuscì pian piano a raggiungere il punto più basso della cripta dove troò Rodrigo.
L'Assassino combattè benissimo con tutte le sue armi ma, Rodrigo aveva un'arma molto più forte anche più della Mela il Bastone che, unito alla mela avrebbe aperto un passaggio per un luogo in quel gioco sconosciuta.
Ezio, stremato e senza forze piano piano riusciì a prendere le ultime sue forze e anche all'aiuto di Giunone che lo aiutò per tutto il combattimento e alla fine riuscì a sconfiggerlo ma, non ad ucciderlo.
Infatti Rodrigo scappò e lasciò Ezio lì a morire, ma Ezio che era un Auditore aveva la pelle dura  e riusci a scampare da morte certa portò la mela e il bastone con lui, e li potè usare per tutta la sua vita anche nella futura battaglia contro i figli di Rodrigo, Cesare e Lucrezia