Yugi, il faraone Atem, Tea, Tristan e Joey erano appena tornati dal loro viaggio indietro nel tempo in Egitto per aiutare il faraone a scoprire le sue origini. Ormai Atem ricordava tutto quindi poteva ricongiungersi insieme ai suoi sudditi e smetterla di vagare, ma prima doveva affrontare in duello Yugi, per capire se il ragazzo era veramente pronto a lasciarlo andare. Yugi era pronto a lasciare andare Atem, ma i suoi amici lo erano?
Tristan e Joey, anche se erano molto tristi, capivano che il faraone non apparteneva alla loro epoca e quindi lo dovevano lasciare andare, perciò avevano accettato di dire addio al loro amico ma Tea come la pensava?
Tea, riguardo, ciò, era molto confusa, sebbene capisse che Atem non apparteneva alla sua epoca e per essere felice doveva ricongiungersi con i suoi sudditi, non voleva lasciarlo andare, perché lei lo amava, lo amava da sempre, ma non voleva dirglielo perché lui è uno spirito e gli spiriti non provano sentimenti.
Ormai era giunto il momento, il momento di dirsi addio. Yugi e Atem si abbracciarono, Yugi non avrebbe mai dimenticato l’amico che gli aveva insegnato tutti i segreti di Duel Monsters; Atem si stava dirigendo verso il portale quando a un certo punto si sentì tirare il braccio, lui pensava fosse Yugi che voleva dargli un ultimo saluto, ma quando si girò, ebbe una sorpresa: non era Yugi che lo tratteneva, ma era Tea.
Tea stava piangendo, era triste, non voleva lasciare il suo amato Atem, così gli disse: “Atem ti prego non mi lasciare, io sono innamorata di te, non sono pronta a lasciarti”.
Atem rimase di sasso, non ci poteva credere Tea era innamorata di lui, aveva sempre pensato che erano solo amici, e invece per lei lui era qualcosa di più. Il faraone voleva andarsene, ma qualcosa lo tratteneva, ma stavolta non era Tea, bensì il suo cuore, che gli diceva di non andarsene e di rimanere con Tea per sempre.
<< Non può essere>> pensò << io sono uno spirito e non posso provare un sentimento come l’amore! Ma allora perché non riesco a dire addio a Tea? Forse quella che credevo fosse un’amicizia, in realtà è amore!>>. Ma i suoi pensieri furono interrotti da Marik che urlò: “ presto mio faraone attraversi il portale prima che sia troppo tardi!”.
Ma Atem non lo ascoltava, era impegnato a fissare Tea che davanti a lui piangeva, allora in quel momento prese una decisione e disse: “ Tea nemmeno io sono pronto a lasciarti, però io sono uno spirito e non possiamo stare insieme, ma se ci fosse un modo per avere un corpo io starei qua con te per sempre!”.
A questo punto nella discussione s’intromise la sorella di Marik, Isis, che disse: “ in realtà mio faraone un modo ci sarebbe… esiste una pietra, la pietra del millennio, che permette ad uno spirito di riavere il proprio corpo e di ricominciare una nuova vita.”
Il faraone allora esclamò: “ bene allora partirò alla ricerca di questa pietra e subito dopo Tea staremo insieme” e la baciò.
Così Atem per il momento ritornò dentro il puzzle del millennio e insieme a Yugi, Tea e gli altri partì alla ricerca della pietra del millennio.