[Spoiler 4^serie!!!]La storia inizia nella 3^serie, Michael è rinchiuso a Sona e Lincoln gli da la notizia che Sara è morta.
Michael reagirà male alla notizia e prenderà una decisione drastica.

Michael e Sara si ritrovano a vivere nello stesso quartiere e non solo, Michael scopre che Sara è la sua nuova vicina di casa di cui tanto aveva sentito parlare in giro.
Come andrà a finire?

La vita da reclusa è molto più dura di quella che Gwen avrebbe potuto immaginare, soprattutto in un penitenziario di massima sicurezza interamente dominato da uomini. Fox River è un inferno al quale sembra impossibile poter sopravvivere. Ma Gwen ha una missione da compiere... la vendetta.

Mi chiamo Michael Scofield. Ero un ingegnere civile. Sono stato un carcerato. Sono evaso da due penitenziari di massima sicurezza e ho coordinato l’evasione di mia moglie da un altro carcere. Sono stato un fuggitivo e un ricercato. Sono stato un manipolatore e un approfittatore.
Chi è Michael Scofield? In sei flussi di pensieri, sulla scia di cinque parole impresse su una lapide, l’immagine di un uomo che non si riesce ad etichettare.

"L'uomo che voleva divertirsi con me giace a terra con un profondo taglio alla gola. In piedi, davanti al suo corpo, c'è un altro detenuto che stringe nella mano destra un punteruolo affilato: ha il fiato ansante e la maglietta bianca che indossa è sporca di sangue.
E' T-Bag".
Tutto quello che Nicole Baker vuole, è ricominciare una nuova vita lontano dal luogo in cui è cresciuta, e sembra essere sulla strada giusta quando viene assunta come dottoressa a Fox River: un carcere maschile di massima sicurezza a Joliet, nell'Illinois.
Nicole non sa nulla del mondo che si snoda dietro le sbarre di una cella ma, come le raccomanda il direttore Henry Pope, tutto ciò che deve conoscere è racchiuso in una semplice regola: mai innamorarsi di un detenuto.