Sono passati quattro anni da quando Maka e Soul hanno sconfitto il Kishin Ashura, e ne sono passati tre da quando un incidente li ha portati a separarsi: lei è partita per il mondo degli umani, lui è rimasto a Death City.
Le possibilità si ritornare ad essere Technician e Weapon sono minime, e Maka lo sa benissimo, ma un terribile avvenimento sta per riportarli di nuovo sotto i grandi teschi della Shibusen...
Attenzione: la storia è basato sul manga, che ha un finale totalmente differente dall'anime. Provvederò a inserire uno spoiler non appena si renderà necessario che si sappiano i precedenti... Nel frattempo, buona lettura ;D

Sono passati due anni dalla distruzione del Drago Antico.
Saito e Louise, ora sposati, vivono felicemente nel loro feudo di De Ornielle, facendo continuamente avanti e indietro da Tokyo per stare con i genitori di Saito. Per Saito, inoltre, è in arrivo una notizia inattesa e bellissima. D'improvviso, una serie di inquietanti e terribili imprevisti giungono a distruggere una pace così difficilmente conquistata. Da un momento all'altro, per qualche misterioso motivo, Saito perde nuovamente i suoi poteri di Gandalfr, e Louise la possibilità di evocare i portali dimensionali. Contemporeamente, la morte improvvisa della regina Henrietta genera lotte sanguinose per la successione al trono tra i nobili; da un momento all'altro, Tristein conosce la sua epoca Sengoku, sprofondando nella guerra civile. Mentre Saito e Louise devono scegliere che ruolo avere in questi eventi, la misteriosa comparsa di un giovane senza memoria, ma che per qualche strano motivo sembra aver "rubato" a Saito le rune di Gandalfr, sarà destinata a cambiare per sempre le loro vite.