Un'altra misteriosa Hope's Peak Academy sembra essere apparsa, a qualche anno dalla morte di Junko Enoshima e dalla vendetta della Future Foundation. I suoi studenti sembrano aver vissuto una vita normale, fino a quando circostanze misteriose li trascinano in una prigione nel cielo dove sembra non esserci via d'uscita.
L'unica strada è verso l'alto, non si può più toccare terra. Cosa li attende sopra le nuvole: la speranza o solo un'immensa disperazione?