L'organizzazione scopre che Shinichi è ancora vivo, dopo che Amuro (alias Bourbon) ha intercettato una telefonata tra lui e Ran. Quest'ultima viene rapita dallo stesso Amuro su ordine di Gin, portata in una delle basi degli uomini in nero e interrogata su dove si trovi il liceale detective; la ragazza ovviamente non lo sa e anche se lo sapesse non lo direbbe, perchè teme (a ragione) che vogliano uccidere il suo amato. Inizia quindi per lei un vero calvario: viene picchiata, umiliata, violentata e torturata. Conan dovrà fare tutto il possibile per salvarla.