Cade una foglia,
cade il mio spirito
combattivo e imprudente.
Ho lasciato che queste cose
accadano soltanto a me.
Ora, devo subirne le conseguenze…

La storia è ambientata dopo il World Duel Carnival, e si concentra su due strane apparizioni, due ragazze, una buona e l'altra malvagia arrivano in città. Esse hanno una pericolosa missione da compiere, avvolta nel mistero, e travestendosi da comunissime studentesse, entreranno nella vita del giovane Yuma Tsukumo e del suo amico Astrale. Nell'oscurità eterna, i Bariani tramano per distruggere il mondo astrale, ma allo stesso tempo scoprono dell'esistenza di due mondi ormai perduti, ed il regnante di uno di essi, una persona che Vector non avrebbe mai pensato di incontrare, farà parte in tutto e per tutto dei loro piani. Tra misteriose avventure, tra le quali raccogliere speciali versioni delle carte numero, una delle due ragazze entrerà persino nel cuore di una carta numero molto particolare, ed il cuore di quest'ultimo, nero come il buio più eterno comincerà pian piano a sciogliersi come l'oscurità si scioglie sempre alla luce del bene...