Da quando il mondo è tornato alla pace sono passati cinque anni. Con la sconfitta di Yliaster, gli eroi del team 5d's credevano che il mondo sarebbe stato in pace, ma si sbagliavano. Di grosso. Un pericolo minaccia nuovamente il mondo, qualcuno gli da la caccia. Il Cappellaio, la Regina Rossa ed il Fante di Cuori, questi sono i nomi di coloro che vogliono la morte di Yusei e dei suoi amici. Ma ciò che è potrebbe non essere, e ciò che non è potrebbe diventarlo. In un vortice di duelli, lotte senza quartiere e follia, il team 5d's dovrà affrontare il pericolo più grande mai affrontato. Perchè il pericolo più grande potrebbe non essere semplicemente una manciata di folli. A volte, per vedere il proprio nemico, bisogna guardare... attraverso uno specchio!