In un universo parallelo, dove il pokémon Mewtwo ha conquistato il mondo grazie al suo imponente esercito e l'ha cosě riunito tutto all'interno di un unico grande impero denominato Mewtwo Empire Perfect (chiamato anche con l'acronimo MEP) con lo scopo primario di portare la terra al perfezionamento e al raggiungimento dell'illuminazione eterna, un gruppo segreto chiamato La Resistenza ha deciso di boicottare il piano di Mewtwo e di riportare il mondo alla libertŕ e all'indipendenza, sicuri che il vero piano di Mewtwo č un governo dittatoriale. Vediamo cosě il protagonista, Gabriel, un giovane ragazzo della regione di Sinnoh, deciso ad arruolarsi nella Resistenza assieme al suo migliore amico Barry per riportare la terra alla normalitŕ. Ma non sarŕ semplice come si aspettava!