"-Sei il nuovo Silver Bullet: sei l’unico in grado di sconfiggere questa Organizzazione che si paragona ad un vampiro per dire che è immortale. E cosa uccide un vampiro, Kudo? L’argento-“
Dopo che l'Organizzazione tende una trappola al detective liceale, il segreto di Shinichi e di Shiho viene scoperto. Il pericolo è più vicino che mai e l'FBI propone di aprire il Programma Protezione Testimoni per salvaguardare la vita delle persone con cui sono venuti a contatto. Ed è proprio per questo motivo che Ran si ritrova a Komatsu, lontana da Shinichi, con una nuova identità dopo essere venuta a conoscenza della verità da parte di Jodie. 
Mentre Anokata osserva ogni mossa del detective con maestria, Shinichi lotta con il pericolo che lo circonda e con i suoi sentimenti in attesa di sparare il suo Proiettile d'Argento e di sgominare l'Organizzazione che gli ha rovinato la vita. Ma qualcosa andrà completamente storta...