Quattro anni fa si svolsero contemporaneamente due grandi guerre, anche se in due mondi ben distinti. Queste due guerre erano conosciute come Quarta Grande Guerra Ninja e Guerra di Barbabianca.
Attualmente il Nuovo Mondo e i Paesi del Vento, Acqua, Fuoco, Fulmine e Terra si stanno preparando per una guerra che vedrà combattere tre schieramenti: il primo composto dai Kage, i Mugiwara, la Squadra Speciale ANBU, i Pirati di Marco, i Pirati CP9, i Pirati Heart, e i Ninja dei 5 villaggi, il secondo dai Pirati di Barbanera e l’Akatsuki e l'ultimo dalla Marina,la Flotta dei 7 e Kabutomaru con la sua nuova squadra. La causa della guerra è semplicemente la vendetta.

Mondo dei Ninja
Dopo aver vinto la guerra contro l’Akatsuki, Naruto è finalmente divenuto Hokage, ma non è esattamente tempo di festeggiare. Sasuke non ha infatti accettato la sconfitta di quattro anni prima e, dopo aver chiesto supporto ad una famosa ciurma di pirati, e aver creato una nuova Organizzazione Akatsuki, di cui non si conoscono i componenti, ha dichiarato guerra a Konoha, guerra alla quale si è aggiunto Kabutomaru, tanto per il gusto di creare caos. Naruto così organizza una cooperazione con gli altri quattro Paesi e con alcuni pirati e degli allenamenti preparatori che si terranno negli ultimi 10 giorni mancanti prima dell’inizio della guerra.

Nuovo Mondo
Rufy e la sua ciurma si sono riuniti già da due anni, e dopo i fatti di Punk Hazard, hanno stretto un patto di alleanza con Law che consiste nell'assistere l’altra ciurma in un’eventuale situazione di bisogno, quest’ultimo ha anche ripreso con se la sua vecchia ciurma, i Pirati Heart. In questi quattro anni sono avvenuti però altri cambiamenti, dopo la loro sconfitta infatti, i membri della CP9 sconfitti dai Mugiwara a Enies Lobby, hanno minacciato di morte il loro capo, Spandam, e hanno formato una vera e propria ciurma,dandole il nome di Pirati CP9. Inoltre, successivamente alla morte di Barbabianca durante l’omonima guerra, la sua ciurma ha preso il nome di Ciurma di Marco, l'ex Capitano della prima flotta di Barbabianca. Queste due ciurme hanno ricevuto,insieme alla ciurma di Rufy, la richiesta di supporto del villaggio di Konoha, ed insieme a quest'ultimo capitano,hanno accettato. Il Grandammiraglio Akainu, venuto a sapere della guerra a cui parteciperanno molti pirati ricercati, ha chiesto a Kabutomaru, a nome della Marina e della Flotta dei 7, se potevano coalizzarsi contro l’alleanza Ninja-Pirati, e quest’ultimo ha accettato pensando che l’intera marina dalla sua parte avrebbe potuto fargli comodo.

Mancano 10 giorni, in cui ci si allenerà per salvaguardare Konoha e i suoi abitanti...