Un anno è passato da quando XANA è stato sconfitto. La vita dei Guerrieri sembra tornata alla normalità, ma Lyoko è una tecnologia incredibilmente avanzata e piena di lati nascosti. Segreti che riguardano il programma, la sua storia, i suoi utilizzi. Tutti elementi che attirano interessi. Interessi... inumani.
[La storia non prende in considerazione gli eventi dei libri e di Evolution]