Sono trascorsi cinque anni dall'ultima apparizione del Graal nella città di Fuyuki: un tempo troppo breve per il ripetersi del rituale, eppure qualcosa di inaspettato stà accadendo nella piccola Towaki a molte miglia di distanza... Strane figure si aggirano per le strade la notte, entità che non dovrebbero appartenere a questa realtà.
Cosa stà accadendo in questo luogo apparentemente insignificante? Per quanto sia assurdo, tutto sembra confermarlo.
La Sesta Guerra del Graal è cominciata: è tempo per nuovi Master e Servant -gli spiriti eroici del mito- di impugnare nuovamente le armi e lottare per il più prezioso dei tesori!