La città dei mille templi è una storia incentrata sulla solitudine giovanile, la protagonista, Kyoko, è infatti rimasta sola all'età di undici anni dopo la morte di entrambi i genitori. In lei si è formato un vuoto talmente grande da portarla a trasferirsi in un'altra città, Kyoto. "Kyoto è per me una compagna di vita, una fonte di ispirazione, quel qualcosa di nuovo, di inaspettato e di insolito che ho sempre desiderato" è così che la protagonista descrive la sua amata città. Kyoko, dopo aver vissuto quattro anni a Kyoto, è però costretta a ritornare a Tokyo per trovare un lavoro. La protagonista torna a vivere in quella casa che aveva abbandonato all'eta di quindici anni, in quella casa che ora le sembrava infinita. Sullo sfondo dell'immensità del paesaggio giapponese, si svolge la storia di una ragazza che vive la solitudine in maniera insolita e che riesce a colmare il vuoto dentro di sé grazie alla sua ossessione per la città dei mille templi.