Dopo la famigerata Civil War che ha visto la fazione di Captain America opporsi ad Iron-Man, l'universo Marvel è tornato a dividersi in due, stavolta per questioni riguardanti l'utilizzo di nuove armi ancor più distruttive da parte degli Avengers! Tale processo è detto "Protocollo nucleare", chi avrà la meglio? Chi vincerà la Nuclear Civil War? Quali saranno i due schieramenti? E sopratutto... cosa causerà questa guerra?