Gli uomini del servizio segreto sono stati chiari: Indiana Jones dovrà riuscire a trovare e portare al sicuro l’Arca dell’Alleanza prima che lo facciano i nazisti. Il fallimento non è contemplato, dal momento che esso comporterebbe l’acquisizione, da parte della Germania, di un’arma potentissima. Il primo passo sembrerebbe il più semplice: ritrovare Abner e Marion Ravenwood e convincerli a consegnare nelle sue mani un tassello indispensabile per comporre il puzzle che lo condurrà all’Arca. Ma questo significherà anche doversi confrontare, dopo dieci lunghissimi anni, con l’unica donna che Jones abbia mai amato, la donna che egli tradì ed abbandonò…

Nel 1926, il giovane archeologo Indiana Jones, guarito da pochi mesi da una grave malattia, riceve dal professor Abner Ravenwood il compito di rintracciare in Egitto un’antica stele che potrebbe celare il segreto per raggiungere l’Arca dell’Alleanza; Jones, però, ha tutt’altro pensiero per la testa: Marion, la figlia di Ravenwood, di cui ha finito coll’innamorarsi durante il tempo trascorso insieme a Gerusalemme. Nel frattempo, negli Stati Uniti, René Belloq cerca vendetta nei confronti di Harold Oxley, mentre una donna di nome Stella tenta di contattare un archeologo che possa aiutarla nella ricerca di un manufatto precolombiano, il misterioso Scrigno dei Venti…