Naruto Uzumaki si è lasciato alle spalle il suo villaggio e i suoi amici per unirsi ad Akatsuki e imparare a controllare il potere della volpe a nove code. Tuttavia, i membri dell'organizzazione non lo accetteranno mai senza avere una dimostrazione delle sue abilità, per cui lo metteranno alla prova, affidandogli una pericolosa missione. Naruto, affiancato da Itachi Uchiha, dovrà oltrepassare i confini delle terre ninja per giungere al suo obiettivo.

La volpe a nove code ha attaccato il villaggio della Foglia, causando grandissime sofferenze in tutti i suoi abitanti. Il ricordo di quel tremendo assalto si è incarnato negli abitanti del villaggio, i quali non riescono ad accettare la presenza della reincarnazione del demone a nove code: Naruto Uzumaki.
Il nostro eroe dovrà avventurarsi nell'oscuro mondo dei ninja, confrontandosi con la lunga catena d'odio nei suoi confronti.