E' passato quasi un anno da quando Shinichi è un bambino e dopo tutte le loro avventure ancora non sono riusciti ad arrivare a una soluzione definitiva. Ma ormai tutto questo sta per giungere al termine: qualcuno ha detto agli Uomini in nero chi è veramente Conan ma non chi è Ai. E non è stata Vermouth. Lui viene rapito da loro ma misteriosamente non viene ucciso. Ai si darà da fare per cercarlo e sarà costretta a rivelare a molta gente cosa sta succedendo. Tutti i personaggi finora conosciuti si uniranno, la verità nascosta da tutto quel tempo sta per venire a galla e lo scontro finale sta per iniziare!