[Principalmente Touko/N, ma ci saranno anche Cheren/Bel e Mei/Hugh]
Sono passati due anni da quando N se n'è andato con Reshiram, Unima è appena stata salvata - di nuovo - da una ragazzina, Mei, e N è tornato apposta per sventare i piani di suo padre, Ghecis. Quello che è ancora un mistero, però, è dove sia finita Touko: dopo aver litigato con Cheren è partita in cerca di N e nessuno sa dove sia.
Proprio quando tutti i suoi amici hanno perso le speranze, ecco che un'ombra nera appare nei cieli di Soffiolieve...