[ 5 anni dopo gli avvenimenti dell'anime ]
Killua e Gon, ormai diventati validi Hunter professionisti, vengono mandati in missione dal presidente Netero.
Devono infiltrarsi all'interno della fortezza della famiglia Wasaki, una delle più importanti esponenti della classe agiata e scoprire quante più informazioni possibili per cercare di conoscere più a fondo la nuova minaccia mondiale che si cela sotto il nome di questa potente famiglia. Un nuovo nemico è pronto a colpire l'equilibrio del mondo ma Gon e Killua non saranno soli a combatterlo; Arya Wasaki, ribelle diciassettenne, determinata ed arguta, accorrerà in loro aiuto. Tuttavia, un potere misterioso si cela in lei, un potere ancora sigillato, un potere che la rende essenziale per il piano che ha in mente di attuare suo padre.