In un mondo lontano, dove convivono esseri umani e strani mostri chiamati digimon, uno di essi, Myotismon, ha intrapreso una lunga guerra che in breve lo ha portato a dominare buona parte del pianeta. L'unica speranza per i pochi che ancora lo contrastano è racchiusa in due digiuova, che una volta schiuse potrebbero liberare un potere in grado di sconfiggere Myotismon.
Il professor Hongo, tentando di proteggerle, le affida ad un suo giovane discepolo e a tre giovani digimon per poi spedire tutti in un altro mondo attraverso un portale, ma il suo tentativo risulterà vano poichè Myotismon attraverserà a sua volta il portale alla testa di un grande esercito.
Nella New York dei nostri giorni, tre ragazzi si ritroveranno coinvolti nella guerra per proteggere le digiuova dalle mire di Myotismon, mire che ora rischiano di comprendere anche il loro mondo.