Sono passati molti anni dalla scomparsa di Naraku.
La vita di tutti i nostri protagonisti è cambiata; ogni cosa scorre pacificamente e in allegria.
Per la dolce Rin, cresciuta nel villaggio di Kaede e divenuta diciassettenne, una nuova, pericolosa avventura la attende.
E così, tra inganni, amori, gelosie e sofferenze, la ragazza si scoprirà legata al filo più magico di tutti:
il filo dell'Anima Gemella.