Il desiderio di Yuna di rivedere Aerith felice, la porterà a risvegliare quello che i suoi genitori hanno combattuto tanto strenuamente.
La resa dei conti tra le forze del bene e del male è ormai giunta. Indipendentemente da come andrà, tutto finirà qui.

Grazie agli sforzi dei protettori del Pianeta la popolazione mondiale ha potuto vivere un periodo di pace e prosperità. Purtroppo però l'avidità della razza umana rischierà ancora una volta di rompere l'equilibro creato con incredibile fatica e di risvegliare un male tanto antico quanto terrificante.

Cloud, costretto ad allontanarsi dagli amici per tentare di cambiare l'infausto Destino di Aerith, si incammina verso il suo villaggio natale, luogo dove affronterà sfide al confine della realtà.
Nel frattempo il resto del gruppo riprende il viaggio alla ricerca dei templi perduti nella speranza di trovare una soluzione per salvare il Pianeta minacciato su più fronti.

Dopo aver lasciato Midgar, il gruppo di Cloud parte per un viaggio per salvare il Pianeta e per sconfiggere Sephiroth, percorso che tuttavia si dimostrerà molto più complicato del previsto.
Nota: storia adatta a tutti gli amanti della coppia Clerith ;)

Cloud, ritornato a Midgar su richiesta della cara amica Tifa, condurrà un'indagine su alcuni mostruosi omicidi che lo porterà a scoprire degli oscuri segreti capaci di cambiare radicalmente il corso della storia.
Nota: accenni di Clerith